Le SGDSN agit comme opérateur, notamment dans la gestion des habilitations, des documents classifiés, des communications gouvernementales – au travers de l’opérateur des systèmes d’information interministériels classifiés (OSIIC) – ou encore de la sécurité des systèmes d’information et la cyberdéfense.

La protection du secret de la défense nationale (PSDN) repose sur un corpus de textes dont le code pénal, le code de la défense et l’instruction générale interministérielle n° 1300 sur la protection du secret de la défense nationale (IGI-1300) constituent le socle. Dans sa dernière version, l’IGI-1300 décrit la chaîne fonctionnelle de sécurité associée à cette protection, ses principaux acteurs et leurs missions. Son efficacité dépend de l’organisation et de l’action pratique de l'ensemble des acteurs de cette chaîne (application des mesures de sécurité aux personnes physiques et morales, garantie de la protection physique et logique des informations et supports classifiés, bonne gestion de ces informations et supports, détection et traitement des compromissions). L’officier de sécurité, professionnel au cœur de la protection du secret de la défense nationale (PSDN), se doit d’être formé afin d’exercer ses missions au sein de l’organisme dans lequel il exerce sont activités.